新版《蔡元培全集》（全十二卷 二十八册）由北京大学《蔡元培全集》编委会主编，编纂历时八年，首次以类编的形式整理蔡元培全部著述。

《全集》对以往失收的文献进行全面地搜集、整理、考证和补充，对家藏文献进行了深度挖掘，收入已往全集未收文献超过百万字。与已往全集相比，演讲类文献新增百余篇；序跋类文献新增近百篇，另收录为书刊展览所作题词130余篇；诗文类文献新增百余篇；科举考卷部分，新增了童生试考卷15份（诗文49篇）；书信部分新增550余通；译作类新增《教授法原理》一种。